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2003年に、研究所の独立性を確保するため「附置地域総合研究所」に変更し研究科、学部と同格の独立部局となりました。この改革により研究所の研究方針を独自に決定し、所長が主導する「共同研究方式」に切り替え、所長が中心となり研究テーマを決め、それにふさわしい優れた研究者を学内外、さらに必要に応じて外国からも集め、世界的レベルの共同研究を行っています。
学芸員資格課程の高度な教育を行うことを目的として、2002年4月に開設されました。 2004年3月には、博物館相当施設の指定を受け、考古学ミュージアムとして生まれ変わりました。